Meg kell mondanunk, hogy a baktériumok és az archeák közötti különbségek legfeljebb egy biológus számára izgalmasak. A legnagyobb különbség abban áll, hogy másmilyenek a lipidjeik, és az archeákban nincsen egy peptidoglikán nevű anyag. Működésük azonban nagyon is eltérő. Az ősbaktériumok jobban különböznek a baktériumoktól, mint az ember a ráktól vagy a póktól. Woese egyedül fedezte fel az élőlények felosztásának új módját, amely olyan alapvető, hogy az országok szintje felett áll az élőlények rendszerének csúcsán.
1976-ban azzal lepte meg a világot – vagy legalábbis azt a kis részét, amelyet a téma érdekelt –, hogy az élőlények rendszerét nem öt, hanem huszonhárom fő részre osztotta. Ezek három fő kategóriába sorolhatók: a baktériumok, az ősbaktériumok és az eukarióták; ezeket ő tartományoknak nevezte. Az új rendszertani egységek csoportosítása a következő:
- Baktériumok: cianobaktériumok, bíbor baktériumok (Rhodospirilli-neae), Gram-pozitív baktériumok, zöld nem kénes baktériumok (Chloroflexaceae), flavobaktériumok és thermotogalék;
- Ősbaktériumok: halofil ősbaktériumok, methanosarcina, methano-bacterium, mechanococcus, thermoceler, thermoproteus és pyrodictium;
- Eukarióták: diplomadok, mikrospórások, trichomonasok, ostorosok, entamőba, nyálkagombák, csillósok, növények, gombák és állatok.
Woese új felosztása nem kavarta fel a biológusok világát. Egyesek azért vetették el a rendszert, mert az túlságosan előnyben részesíti a mikrobákat. Mások egyszerűen nem foglalkoztak vele. Frances Ashcroft szerint Woese „keserűen csalódott”. A mikrobiológusok később lassanként kezdték elfogadni az új szemléletet, a botanikusoknak és zoológusoknak azonban ez nem ment ilyen könnyedén, ami nem csoda. Woese modelljében az állat– és növénytan az eukarióta ág két külső nyúlványa. Minden más helyet az egysejtűek foglalnak el.
